Beim Planen neuer Betriebszweige und Fruchtfolgen bildet die Kalkulation der zu erwartenden Gewinne eine wichtige Basis. Grundsätzlich gilt dabei im Ökolandbau: Der Betrieb muss als Gesamtorganismus betrachtet werden.

Da weniger Hilfsstoffe, wie z. B. Dünger und Pflanzenschutzmittel zur Verfügung stehen, gestaltet sich die Bewertung einzelner Ackerkulturen als schwierig und sollte besser im Rahmen einer langfristig geplanten Fruchtfolge stattfinden. Auch die Art und Anzahl der gehaltenen Tiere muss auf die vorhandene Fläche abgestimmt sein, um langfristig einen weitestgehend geschlossenen Nährstoffkreislauf zu erreichen.
Während und nach der Umstellung auf ökologischen Landbau spielen besonders folgende Gesichtspunkte eine Rolle für die Wirtschaftlichkeit:

• Die pflanzlichen Erträge und tierischen Leistungen gehen i. d. R. zurück (zehn bis 50 %).
• Für Umstellungs- und insbesondere für Ökoprodukte lassen sich i. d. R. höhere Marktpreise erzielen.
• Der Aufwand für Düngemittel und Pflanzenschutz sinkt.
• Besonders tiergerechte Stallgebäude sowie das Erfordernis eines Auslaufs können erhöhte Investitionskosten und einen höheren Arbeitsaufwand bedeuten.
• Geringere Erlöse können durch zusätzliche Fördergelder für die ökologische Bewirtschaftung aufgefangen werden.

Aus dem beispielhaft dargestellten durchschnittlichen Gesamt-Deckungsbeitrag einer Fruchtfolge in einem viehlos wirtschaftenden Ackerbaubetrieb wird deutlich, dass sich die Erlöse der unterschiedlichen Kulturen im Ökologischen Landbau gegenseitig ausgleichen müssen. Ziel sollte es dabei unter anderem sein, alle Fruchtfolgeglieder sinnvoll zu verwerten.

^[1]Preise beziehen sich auf das Mittel der Jahre 2010-2013
^[2]DB ohne staatliche Ausgleichsleistungen, Zinsansatz und Bewertung der Nährstoffabfuhr
^[3]Abgabe ab Feld im Tausch gegen organischen Dünger
^[4]Bezug im Tausch gegen Kleegrasaufwuchs

Der  Deckungsbeitrag ist definiert als die Differenz zwischen Leistungen (Erlöse aus dem Produktverkauf) und variablen Kosten (u. a. Saatgut, Lohnmaschinen, Diesel) und wird bei der Planung der Betriebsorganisation verwendet. Er dient zur Deckung der festen Kosten für Maschinen und Gebäude als auch der kalkulatorischen Kosten wie Pachtansatz und Lohnansatz für die eigene Arbeitskraft. Bei größeren Investitionen und einer langfristigen Betrachtungsweise ist eine Vollkostenrechnung sinnvoll.